歷史可追溯到1661年，因為鄭氏軍隊大多為福建沿海一帶人士，因鄭成功要收復臺灣，將臺灣當作反清復明根據地，有很多跟隨鄭成功來臺人士有請媽祖隨鄭氏王朝隨而來，由鹿耳門古道進入，登陸北汕尾後因為與荷蘭人要開戰不便將媽祖留在軍艦上，而將隨艦媽祖放置在北汕尾島上築草寮放置由島上村民保管為最早「鹿耳門媽祖廟」，康熙58年（1719年）清政府興土木正式建鹿耳門媽祖廟。道光十一年（1831年）因曾文溪氾濫，下游支流改道而造成廟宇毀損，因此當地民眾將，開基媽祖神像暫祀民家，其餘神尊移交由三郊臺都水仙宮管理，後因水仙宮日治時期有變才移交由三郊鎮港海安宮管理，水仙宮代理普渡，戰後海安宮要求鹿耳門方面將神尊請回，但因為當時鹿耳門村民無力興建廟宇也無力祭祀而拒絕，後因土城方面表示願意，由海安宮轉由土城祭祀與現今五王殿後方。直至1947年鹿耳門村民於現址重建廟宇，將祭祀在民宅開基媽祖迎回新廟祭祀。
鹿耳門天后宮. (2017, July 4). Retrieved from 維基百科, 自由的百科全書: https://zh.wikipedia.org/w/index.php?title=%E9%B9%BF%E8%80%B3%E9%96%80%E5%A4%A9%E5%90%8E%E5%AE%AE&oldid=45054653 |
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